Il reparto di medicina della riproduzione si occupa della gestione della fisiopatologia dell'apparato genitale, della monitorizzazione andrologica, del ciclo estrale, della gravidanza e del parto, della neonatologia.

Il reparto si occupa dell'inseminazione artificiale ed attualmente sta pianificando l'apertura d'una banca del seme. Il reparto di riproduzione offre un servizio di chirurgia riguardante il sistema genitale. Il reparto di Riproduzione San Marco si avvale anche dell'assistenza del Laboratorio per la spettrometria di massa.